Fudbalsku karijeru počeo je u omladinskim pogonima klubova Minerva 93 Berlin, Hertha 03 Zehlendorf, te Hertha BSC. Nastupao je za drugi tim Herthe iz Berlina, te zabilježio tri nastupa za prvi tim Herthe nakon čega za 250.000 € prelazi u tada nepoznati TSG 1899 Hoffenheim kojeg je kupio njemački milijarder Dietmar Hopp.

Iz treće lige Hoffenheim je stigao u Bundesligu, a upravo gol Sejada Salihovića je osigurao plasman iz druge u prvu njemačku ligu. 2007. godine proglašen je za najboljeg veznog igrača 2. Bundeslige.

Salihović je 13. septembra 2017. potpisao ugovor sa Hamburgom za godinu dana , vraćajući se u Bundesligu nakon više od dvije godine. Na kraju sezone Salihović nije mogao uspjeti ostaviti HSV u 1.Bundesligi. Salihović službeno napušta Hamburg 15. maja, i tako postaje slobodan igrač.

4. Aprila 2019 godine Salihovićev agent Tolga Dirican objavio je da unatoč ponudama mnogih klubova 2. Bundeslige Salihović odlučio završiti karijeru.