Sejad Salihović je započeo svoju fudbalsku karijeru u omladinskim timovima. Igrao je za Minerva Berlin i Herthu Zehlendorf prije nego što se 2000. godine pridružio Herthi BSC. U Herthi je igrao za timove do 17 i 19 godina. Do 2003. godine priključio se njihovom rezervnom timu, Hertha BSC II.
Hertha BSC
Godine 2004. Salihović je prešao u glavni tim Hertha BSC. Svoj prvi profesionalni nastup u Bundesligi imao je 26. septembra 2004. godine. Taj meč je bio protiv Hamburger SV-a i Hertha je izgubila 1–2.
TSG 1899 Hoffenheim

Godine 2006. Salihović se pridružio 1899 Hoffenheimu. U svojoj prvoj sezoni tim je igrao u nižoj ligi zvanoj Regionalliga Süd. Igrali su tako dobro da su na kraju sezone bili promovirani u 2. Bundesligu.
Također je proglašen najboljim igračem 2. Bundeslige u sezoni 2007–08, što je veliki uspjeh! Te iste sezone, 1899 Hoffenheim je ponovno promoviran, ovaj put u najviši njemački rang, Bundesligu.
U njihovoj prvoj sezoni u Bundesligi, Salihović je pomogao Hoffenheimu da postigne odličan rezultat. Bili su na vrhu tabele kada je počela zimska pauza. Iako su sezonu završili na sedmom mjestu, to je bio fantastičan rezultat za tim koji je tek promoviran.
Krajem sezone 2012–13, Salihović je postigao dva važna gola sa penala protiv Borussije Dortmund. Ti golovi su pomogli njegovom timu da izbjegne direktan ispad iz Bundeslige. Umjesto toga, tim je igrao kvalifikacione utakmice i uspio ostati u ligi.
Njegove posljednje sezone u Hoffenheimu bile su teške zbog povreda, što mu je ograničilo vrijeme igranja. Klub je napustio 2015. godine nakon devet godina, postavši igrač s najviše nastupa u historiji kluba – što je ogroman uspjeh!
Dana 7. juna 2015. godine, Hoffenheim najavio je na svom zvaničnom sajtu (achtzehn99.de) da će Salihović napustiti klub i da prelazi u Kineski klub Beijing (Guizhou) Renhe.
Beijing Renhe
Nakon odlaska iz Hoffenheima, Salihović se u junu 2015. preselio u Kinu i pridružio timu Beijing Renhe iz Kineske Superlige.
Salihović je na prvoj utakmici za Renhe postigao jedan od najboljih golova u svojoj karijeri iz slobodnog udarca.
Ali popularni Sejo nije uspio ostaviti Beijing (Guizhou) Renhe u 1. Ligi Kine.
Guizhou Renhe je ispao iz prve lige i tako su promjenili ime kluba u Beijing Renhe.
St. Gallen
U februaru 2017. godine, Salihović je potpisao za Švicerski klub St. Gallen do kraja sezone.
Pošto njegov ugovor nije obnovljen, Salihović je napustio je klub kao slobodan igrač u junu 2017.
Hamburger SV
Salihović je 13. septembra 2017. potpisao ugovor sa Hamburgom za godinu dana , vraćajući se u Bundesligu nakon više od dvije godine.
Napravio je svoj debi 15. septembra, u porazu od 0-2 protiv Hanovera 96 .
Salihović je postigao svoj prvi gol protiv Mainz-a 05 , u porazu od 3-2.
Na kraju sezone Salihović nije mogao uspjeti ostaviti HSV u 1.Bundesligi. Salihović službeno napušta Hamburg 15. maja, i tako postaje slobodan igrač.
Salihović je bio poznat po veoma snažnom udarcu lijevom nogom. Također je bio specijalista za slobodne udarce, često postižući golove direktno iz njih.
4.aprila 2019. Sejad Salihović je odlučio završiti igračku karijeru. Međutim, 2021. godine se vratio profesionalnom fudbalu i odigrao utakmicu za 1899 Hoffenheim II.