Fudbalsku karijeru počeo je u omladinskim pogonima klubova Minerva 93 Berlin, Hertha 03 Zehlendorf, te Hertha BSC. Nastupao je za drugi tim Herthe iz Berlina, te zabilježio tri nastupa za prvi tim Herthe nakon čega za 250.000 € prelazi u tada nepoznati TSG 1899 Hoffenheim kojeg je kupio njemački milijarder Dietmar Hopp. Iz treće lige Hoffenheim je stigao u Bundesligu, a upravo gol Sejada Salihovića je osigurao plasman iz druge u prvu njemačku ligu. 2007. godine proglašen je za najboljeg veznog igrača 2. Bundeslige.
Hertha BSC
Salihović je unaprijeđen u prvi tim u 2004. Profesionalni debi Salihovića u Bundesligi utakmici protiv Hamburger SV 26. septembra 2004. godine, koja je završena u 2-1 porazu. Godine 2006., Salihović je prebačen u 1899 Hoffenheim.
TSG 1899 Hoffenheim
Sejad Salihović je proglašen za najboljeg igrača 2.Bundeslige, sa 27 odigranih utakmica, 6 golova i 15 asistencija.
Nagradu je uručio Kicker Njemački sportski magazin.
Salihović je mnogo pauzirao zbog povreda, koje su ga mučile neko vrijeme, međutim Popularni Sejo se brzo oporavljao.
Salihović je imao dobar početak za 2010/11 sezonu Bundeslige, ali je na kraju zbog povrede propusta nekoliko utakmica.
Na kraju sezone 2012/13 Salihović spašava Hoffenheim od ispadanje iz Bundeslige, 34. kolu protiv Dortmunda
Sezona 2013/14 je jedna od najboljih za Salihovića, od odigranih 28 utakmica Salihović je postigao 11 golova i 5 asistencija
Dana 7. juna 2015. godine, Hoffenheim najavio je na svom zvaničnom sajtu (achtzehn99.de) da će Salihović napustiti klub i da prelazi u Kineski klub Beijing (Guizhou) Renhe.
Beijing Renhe
Dana 13. juna 2015. godine, Salihović potpisuje za Beijing (Guizhou) Renhe.
Salihović je na prvoj utakmici za Renhe postigao jedan od najboljih golova u svojoj karijeri iz slobodnog udarca.
Ali popularni Sejo nije uspio ostaviti Beijing (Guizhou) Renhe u 1. Ligi Kine.
Guizhou Renhe je ispao iz prve lige i tako su promjenili ime kluba u Beijing Renhe.
St. Gallen
U februaru 2017. godine, Salihović je potpisao za Švicerski klub St. Gallen do kraja sezone.
Pošto njegov ugovor nije obnovljen, Salihović je napustio je klub kao slobodan igrač u junu 2017.
Hamburger SV
Salihović je 13. septembra 2017. potpisao ugovor sa Hamburgom za godinu dana , vraćajući se u Bundesligu nakon više od dvije godine.
Napravio je svoj debi 15. septembra, u porazu od 0-2 protiv Hanovera 96 .
Salihović je postigao svoj prvi gol protiv Mainz-a 05 , u porazu od 3-2.
Na kraju sezone Salihović nije mogao uspjeti ostaviti HSV u 1.Bundesligi. Salihović službeno napušta Hamburg 15. maja, i tako postaje slobodan igrač.
4. Aprila 2019 godine Salihovićev agent Tolga Dirican objavio je da unatoč ponudama mnogih klubova 2. Bundeslige Salihović odlučio završiti karijeru.
