Pomoćni trener u 1899 Hoffenheim II
Nakon završetka igračke karijere 1. jula 2021. godine, Sejad Salihović započeo je trenersku karijeru u ekipi 1899 Hoffenheim II, rezervnom timu svog dugogodišnjeg kluba, gdje je već od 8. oktobra 2020. obavljao funkciju pomoćnog trenera, dok je još bio aktivan igrač u 3. Ligi.U toj ulozi asistirao je glavnom treneru Kaiu Herdlingu na ukupno 71 utakmici tokom sezona 2020/21 i 2021/22, pružajući podršku razvoju mladih talenata koji su se takmičili u trećem rangu njemačkog fudbala te doprinoseći taktičkim pripremama, oslanjajući se na vlastito bogato bundesligaško iskustvo u Hoffenheimu, gdje je između 2006. i 2014. godine upisao više od 200 nastupa za prvi tim.
Salihovićev mandat bio je usmjeren na mentorstvo mladih igrača, koristeći svoje iskustvo svestranog centralnog veznog igrača kako bi pomogao taktičkom razvoju ekipe i njenoj integraciji u klupski omladinski sistem, čiji je cilj premošćavanje jaza prema profesionalnom prvom timu.
Njegova uloga završila je 30. juna 2022. godine usljed restrukturiranja omladinskog trenerskog kadra Hoffenheima, čime je okončana njegova prva faza rada u klupskom menadžmentu prije nego što je krenuo u potragu za novim prilikama.
Pomoćni selektor reprezentacije Bosne i Hercegovine U21
Sejad Salihović imenovan je 5. augusta 2025. godine za prvog pomoćnog selektora selektoru Branislavu Kruniću u reprezentaciji Bosne i Hercegovine do 21 godine, na osnovu odluke Komiteta za hitnost Nogometnog/Fudbalskog saveza Bosne i Hercegovine. Na toj poziciji Salihović pomaže Kruniću u pripremama ekipe za međunarodne utakmice, oslanjajući se na prethodno iskustvo pomoćnog trenera u 1899 Hoffenheimu II.Ova uloga uklapa se u ciljeve Saveza da ojača razvoj mladih igrača i konkurentnost u evropskim takmičenjima, posebno s obzirom na to da se U21 reprezentacija takmiči u Grupi G kvalifikacija za Evropsko prvenstvo U21 2025–27, zajedno s Norveškom, Izraelom, Nizozemskom i Slovenijom.
Do novembra 2025. godine ekipa je odigrala prve kvalifikacione utakmice, uključujući remi 0:0 protiv Izraela 5. septembra, remi 0:0 protiv Nizozemske 10. oktobra te pobjedu od 2:0 protiv Slovenije 14. oktobra. Ovi početni susreti pod novim stručnim štabom istakli su fokus na izgradnju čvrstih temelja za kvalifikacionu kampanju.
